Problem schon gelöst und es lag nur teilweise an Nextcloud.
Ich hatte das Problem mit der Nextcloud Synchronisierung und der ungültigen Änderungszeit.
Da hatte ich eine Anleitung getestet, welche zwar nichts brachte, wo aber diese solvable-files.sh erstellt wurde, welche wohl richtig solvable_files.sh heißen sollte.
Egal, ab in die Konsole, Pfad zur solvable-files.sh und dann einfach rm solvable-files.sh
und gut, danach lief das Update wie mittlerweile gewohnt durch...
Wenn es doch immer nur so einfach wäre...